리드
2025년 10월 24일, 국세청은 AI 3대 강국 도약을 지원하고 AI 중소기업의 현장 애로를 해소하기 위해 중소벤처기업부와 관련 협회의 협조를 받아 AI 스타트업 등 약 4,800개사를 대상으로 하는 세정지원 패키지를 발표했다. 시행일은 2025-10-27이며, 정기 세무조사 제외·연기, 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 우선, 납부유예·환급금 조기 지급, 전국 세무서 AI 전용 상담창구 설치 등으로 구성된다.
발표 개요 · 배경
정부는 AI를 국가 전략기술로 설정하고 산업 생태계 조성에 속도를 내고 있다. AI 기업은 초기 투자·인력 확보·데이터 인프라 비용으로 현금흐름이 취약한 경우가 많아, 금융·세정의 지원이 성장의 촉진제로 작용할 수 있다. 이번 세정지원은 AI 기업의 R&D 지속성과 인재 유치, 인프라 투자 촉진을 목적으로 설계됐다. 다만 탈세·부정수급 방지를 위해 조건부 우대와 엄격한 사후검증이 병행된다.
핵심 혜택(상세)
1. 정기 세무조사 제외·유예(성장단계별 적용)
창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 대상에서 원칙적으로 제외된다. 그 외 AI 중소기업은 정기조사 착수를 최대 2년 간 유예해 경영에 전념할 수 있는 시간을 제공한다. 단, 명백한 탈루 혐의·횡령·범죄 연루 등 중대한 사유가 발견되면 즉시 조사 대상이 된다.
2. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 우선 처리
R&D·인력개발비에 대한 세액공제 신청 시 우선심사로 처리해 환급·감면 시점을 앞당긴다. 우선심사 대상 기업은 국세청 전용 포털을 통해 별도 분류되어 심사기간 단축 혜택을 받는다.
3. 납부기한 연장·납세담보 면제·환급금 조기 지급
현금흐름 애로 기업에 대해 납부기한 연장, 납세담보(보증) 면제, 압류·매각 유예 조치, 환급금 우선 지급 등 유동성 지원을 우대 창구를 통해 신속히 처리한다.
4. AI 전용 세무상담·컨설팅
전국 세무서에 AI 기업 전용 상담창구 설치 및 홈택스 전용상담 서비스를 제공한다. 법인세 공제·감면 컨설팅을 우선 제공하고, 전담 인력을 통한 1:1 상담과 교육 프로그램을 지원한다.
5. 제도연계·법령 정비 추진
생성형 AI 등 5개 세부기술을 국가전략기술로 지정하고, AI 데이터센터 투자를 통합투자세액공제 사업화시설로 지정하는 등 관련 법령 개정을 추진한다. 법령 개정이 완료되면 소급 적용(예: 올해 1월 1일 이후 발생분) 등 세제 혜택 확대를 안내할 계획이다.
대상·제외 기준 (간단 정리)
대상: 중소기업 기본요건(사업자등록·연매출 기준 등)과 함께 AI 관련 활동 요건을 충족하는 기업. 예컨대 자체 ML/AI 모델 개발·서비스 운영·일정 수준 이상의 R&D 지출·전문 인력 보유 등. 중기부·협회·국세청 협업을 통해 약 4,800개 기업 선정.
제외·제한: 고의적 탈세·횡령·배임·범죄 연루 기업은 즉시 제외되며, 신고내용에 중대한 불일치가 확인되면 지원 철회 및 환수 대상이 된다.
신청 절차·필요서류 (실무 템플릿)
1) 사전 진단(즉시)
- 국세청 공고문 원문(PDF) 확인 — 적용 기준·지원항목·제외사유 확인
- 자가진단표 작성: AI 활동 범주(모델·서비스·R&D), 연간 R&D 지출, 인력현황 정리
2) 제출서류(권장 목록)
- 사업자등록증 사본
- 최근 3년 재무제표(요약본: 손익계산서·대차대조표)
- R&D 계약서 및 지출증빙(계약서, 세금계산서, 지급 영수증)
- 설비구매계약서·세금계산서(데이터센터·서버 등)
- 인건비 명세서, 고용계약서(핵심 연구인력 증빙)
- 제품·서비스 기술백서(개요, 기술 스택, 모델 학습·운영 로그 등)
- 기타(특허·논문·수주계약 등 신뢰성 보강자료)
3) 접수·심사
접수는 국세청 전용 포털 또는 관할 세무서 방문 접수. 우선심사 대상은 별도 분류하여 1~4주 내 심사 완료(건별 상이). 보완요청 발생 시 신속히 보완 제출해야 처리 지연을 막을 수 있다.
기업 실무 가이드 — 즉시 실행 항목
기업은 다음 항목을 즉시 실행해 신청 준비와 사후관리에 대비하라.
- 전담팀 구성: 재무·세무·R&D 담당자 포함 전담 TF 구성 및 담당자 연락처 공유.
- 증빙 정리: 전자파일(스캔)로 계약·영수증·로그 등을 정리하고, 백업(클라우드) 유지.
- 세무사 사전상담: 신청서 초안·증빙 목록을 세무사와 함께 검토해 보완요구 최소화.
- 내부 통제 정비: 비용처리 기준·증빙보존 규정 문서화, 부정수급 방지 내부감시 체계 수립.
- 자금흐름 시나리오: 납부유예·분납 활용 계획 수립(재무팀과 시뮬레이션).
구체적 사례 (가상 시나리오)
사례: 스타트업 A — 연매출 8억, 연간 R&D 지출 2억, 창업 3년 차
- 사전심사 우선처리로 R&D 세액공제 환급이 2개월 당겨져 초기 운전자금으로 활용.
- 납부유예 승인으로 다음 분기 법인세 납부 압박 완화, 추가 인력 채용 비용 확보.
- 세무컨설팅을 통해 향후 12개월간 증빙 정비 로드맵 수립. 예상 효과: 현금흐름 여유 확보로 신규 서비스 개발 가속화.
실제 효과는 기업별 상황에 따라 다르므로 신청 전 시뮬레이션 권장.
사후검증·법적 리스크 — 반드시 유의할 점
혜택은 우대이지만 사후검증이 엄격하다. 허위·과다청구가 적발될 경우 환수, 과태료, 형사처벌(심각한 경우)까지 이어질 수 있으므로 다음을 반드시 지켜야 한다.
- 모든 지출 증빙(계약서·세금계산서·결제영수증)을 원본·전자본으로 보관.
- 내부 회계처리 기준을 문서화하고 담당자 교육을 이행.
- 사후현장조사 대비: 담당자 연락체계·자료 제출책임자 지정.
FAQ — 독자가 가장 궁금해하는 8문항
문의처
국세청 법인납세국 법인세과: 044-204-3317
공익중소법인지원팀: 044-204-3922
조사국 조사기획과: 044-204-3517
맺음말
국세청의 이번 세정지원은 AI 중소기업의 성장과 연구 지속성에 실질적 기여를 할 수 있는 정책이다. 그러나 혜택은 조건부이며, 사후검증 리스크를 항상 염두에 둬야 한다. 지금 당장 공고문을 확인하고 전담팀을 구성해 증빙을 정비하라. 필요하면 내가 신청서 템플릿(워드)과 공고문 원문 링크를 본문에 삽입해 줄게.
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